실무자가 반드시 알아야 할 원천세 신고 방법 완전 정복 - 중소기업 회계 담당자를 위한 실전 매뉴얼

 

 "직원 급여도 줬고, 4대보험도 처리했는데… 원천세 신고는 어떻게 하죠?"
중소기업 실무자라면 누구나 처음에 헷갈리는 원천세 신고. 놓치면 가산세 폭탄을 맞을 수도 있는 중요한 업무입니다.

이 글에서는 처음부터 끝까지 홈택스를 통한 원천세 신고 절차, 실수하기 쉬운 세액 계산 팁, 그리고 자주 묻는 질문까지 하나하나 자세히 알려드립니다.

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🔎 원천세란? 왜 중요한가?

원천세는 ‘원천징수하는 세금’의 줄임말로, 회사가 급여나 기타 소득을 지급할 때 세금을 미리 떼서 정부에 납부하는 제도입니다.

쉽게 말해, "회사가 대신 세금을 내주고, 나중에 신고하는" 구조죠.

💼 주요 대상 소득

• 근로소득: 직원 급여, 상여금, 퇴직금 등
• 사업소득: 프리랜서, 외부 강사, 용역 등
• 기타소득: 원고료, 사례비, 자문료 등

📍의무자:

• 근로자 또는 사업소득자에게 지급하는 모든 사업자(법인/개인)

💡 왜 중요할까?

• 국세청은 ‘신고 누락’보다 ‘원천세 누락’을 더 민감하게 봅니다.
• 신고 누락 시 가산세 + 납세의무자 경고 가능성 있음
• 정기 세무조사 선정 사유 중 하나

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📆 신고 시기와 납부 기한

구분	신고 주기	신고 기한	납부 기한
근로소득	매월 (정기)	다음 달 10일 이내	신고기한과 동일
퇴직소득	발생 시마다	지급일로부터 3일 이내	지급일로부터 3일 이내
기타·사업소득	발생 시마다	다음 달 10일 이내	신고기한과 동일

 

✅ 단, 3월분은 4월 10일까지! (공휴일인 경우 익영업일까지)

⏰ 기한을 넘기면 지연가산세 + 미신고 가산세 부과!

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🧾 원천세 세액 계산 방법

구분	소득세율	주민세(지방소득세)	총 공제율 예시
근로소득	간이세액표 적용	소득세의 10%	약 6~15% 수준
기타소득	20%	소득세의 10%	총 22%
사업소득	3%	소득세의 10%	총 3.3%

💡 사업소득 지급 시 3.3% 원천징수는 필수!
세금계산서 발행이 없거나, 간이과세자인 경우 누락 주의!

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🖥 홈택스를 통한 원천세 신고 방법 (실전 절차)

1️⃣ 홈택스 접속 및 로그인

• 홈택스 바로가기
• 공동인증서(구 공인인증서) or 간편인증 로그인

2️⃣ 신고 메뉴 진입

• 신고/납부 → 세금신고 → 원천세 클릭
• “원천징수이행상황신고서” 메뉴 선택

3️⃣ 기본 정보 입력

• 귀속연월 선택 (ex. 2025년 3월 귀속 → 4월 신고)
• 사업장 정보 자동 불러오기 확인

4️⃣ 지급명세 입력

• 직원 수, 지급 총액 입력
• 기타소득/사업소득자 포함 여부 체크
• 소득 구분 정확히 입력 (근로 vs 퇴직 vs 기타)

5️⃣ 세액 자동 계산 및 검토

• 소득세, 주민세 자동 계산 기능 제공
• 4대보험료 공제액 등 고려하여 입력

6️⃣ 신고서 제출

• 최종 확인 후 “신고서 제출” 클릭
• 정상 접수되면 접수번호 자동 발급

7️⃣ 납부 진행

• 신고/납부 → 납부할 세액 조회/납부
• 인터넷뱅킹, 카드결제, 간편결제 가능
• 납부확인서 출력도 잊지 마세요!

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🧠 실무자가 자주 실수하는 포인트 (주의사항)

❗ 퇴직소득 신고 누락

• 퇴직급 지급 후 3일 이내 신고가 원칙
• 익월 10일까지 신고하는 급여와 다르니 주의!

❗ 프리랜서 지급 시 3.3% 공제 누락

• 프리랜서, 외부강사 비용도 원천징수 대상!
• 기타소득/사업소득 원천세도 함께 신고해야 해요 (세금계산서 안 받았으면 사업소득 처리 필요)
• 3.3% 원천징수 및 신고 필요

❗세액 과소/과다 계산

• 소득세율 누락, 건강보험료 포함 여부 실수
• 급여명세서 정확하게 정리한 후 기입해야 함

❗ 사업소득 vs 기타소득 혼동

항목	사업소득	기타소득
대상	반복성 있는 용역	일시적 강의, 자문 등
세율	3.3%	22%
분류 방법	반복성, 계약 존재	일회성, 계약 없음

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💬 자주 묻는 질문 (FAQ)

Q1. 신고 기한을 놓쳤어요! 어떻게 해야 하나요?
👉 신고 지연 시 지연가산세(3%) + 무신고가산세(10~20%)가 붙습니다.
하루라도 빨리 신고하세요. 다음 달 신고할 때 함께 보정해도 OK.

 

Q2. 신고 후 수정사항이 생겼어요. 정정 가능한가요?
👉 홈택스에서 기한 후 신고 또는 수정신고 메뉴를 이용하면 됩니다. 단, 정정사유에 따라 가산세는 달라질 수 있어요.

 

Q3. 원천세 자동 계산 툴이 있나요?
👉 홈택스에 자동 계산 기능이 있지만, **회계 프로그램(더존, 케이랩 등)을 쓰면 더 편리하게 처리 가능합니다.

 

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📎 마무리 체크리스트

✅ 급여 외 소득(프리랜서, 상여금, 퇴직금) 포함했는가?
✅ 세액 계산 시 지방소득세(주민세) 포함했는가?
✅ 신고 후 납부까지 완료했는가?
✅ ‘원천징수이행상황신고서’가 정확히 접수되었는가?

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📌 원천세는 회계의 시작이자 세무의 뿌리입니다.
놓치면 곧장 리스크로 이어지는 만큼, 매달 정해진 날에 철저히 관리하세요.